2017年，地球受到Blue的袭击，只有不到一千万人能逃到瑟坎多亚斯特号（而且只有经过挑选的人才有优先权登陆），而且将抛弃在地球上的人视为“已死亡”。2029年，部队在地球上发现了sleeper的相关资料。2031年，经研究后得知sleeper的秘密，并打算利用他们进行反击，随后实行回收sleeper的计划。
在国立免疫研究所经过与Blue的战斗后，格兰素小队成功救出sleeper的幸存者祐司，便立即前往太空港准备返回瑟坎多亚斯特号。但在太空港遭到Blue的袭击，形势不利下被迫放弃太空港，负伤的队长罗伯特带领仅存的队员裘依、玛琳，还有祐司乘回收机逃离，准备前往韩国与当地回收队汇合......祐司为了不想成为负担，要求参加战斗。很快，在裘依和玛琳教导下掌握了一定技巧，并与裘依成为朋友......
到达韩国后却发现回收队全灭了......在一个城市里祐司发现一女孩被Blue攻击，不理其他人反对的祐司单独去救那女孩。虽然成功了，但枪声却惊动了其它Blue......由于尾随女孩而找到了隐匿处，但祐司却发觉那里的人都不欢迎他们。在安顿好的晚上，祐司与那名叫翁的女孩相遇，并且承诺会保护她......第二天，裘依、玛琳和祐司前往卫星通信站（也是Blue的巢穴）打算与太空基地联络。在得知旅途终点是俄罗斯的拜克奴鲁基地后，准备返回时却遭到Blue的攻击，为了救玛琳，装甲机器人损坏了......裘依也在祐司怀里闭上双眼......
向隐匿处发动大规模进攻的Blue遭到罗伯特、玛琳和祐司的顽抗，由于寡不敌众，最后还是攻进来了，并展开疯狂杀戮......更惨的是，翁在祐司的眼前......为了完成任务，罗伯特用炸弹也和Blue同归与尽了，剩下的就只有玛琳和祐司......
坐在悬崖上的玛琳彻夜等待着......直到清晨的曙光亮起的一刻......身后出现了熟悉的身影......
瑟坎多亚斯特号......充满着血腥......在互相残杀下毁灭....
【STAFF】
企画：藤田纯二、三浦亨
企画协力：高桥良辅
スーパーバイザー：大畑晃一
シリーズ构成：长谷川胜己
キャラクターデザイン・総作画监督：木崎文智
コンセプト・メカデザイン： 福地仁
メカデザイン：渡辺浩二
クリーチャーデザイン：マイケル原肠
デザインワークス：桥本敬史
音楽监督：蓜岛邦明
音响监督：岩浪美和
美术监督：金子英俊
色彩设计：大内綾
撮影监督：豊永安义
编集：辺见俊夫
プロデューサー：田崎广、长谷川康雄、朴旻浩、井上博明
监督：阿部雅司
制作：TOSHIBA EMI、AIC
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