故事发生在日本的室町时代，阿席达卡(音译 飞鸟)所在的部落虾夷族位于东方的日本。一天一个从西方来的邪神要侵略阿席达卡所在的村庄，这个邪神是由受了诅咒的野猪神变成的。眼看邪神步步进逼，阿希达卡挺身而出，虽然后来他打死了野猪神，但是他也因此中了邪神的诅咒，性命难保。为了化解诅咒之谜和拯救自己，阿席达卡听从本村的巫婆的指示去西方查个明白。
路上他打听到麒麟森林的守护神——麒麟兽可以化解这个魔咒，他就向麒麟森林出发。途中他救了两个掉到山谷的运输铁矿石的农夫，并初次与珊相遇，这两个农夫是黑帽大人(又译 幻姬大人或艾柏西)开办的铁场的工人，幻姬的铁工场就在麒麟森林的附近，为了开采矿石，幻姬的人破坏森林，攻击森林中保护自己的世界的动物，所以幻姬与森林中的动物是有仇的，特别是生活在森林里的白狼神（艾柏西在森林中运输铁矿石时，白狼神前来阻止，遭艾柏西火枪攻击坠落悬崖。译说 莫挪一族）。阿席达卡把这两个人送回去铁工场，在铁工场里，他揭开了野猪王被诅咒之迷：幻姬经常用火枪攻击森林的动物，野猪神就是中了她的火枪弹后因为仇恨而变成邪神的！阿席达卡还发现幻姬为了杀掉麒麟兽，占领麒麟森林发明了一种很厉害的火枪。
这天夜里， 珊来袭击铁工场，她其实是被人类遗弃的由白狼神养大的狼的女儿。珊在敌众我寡的情况下形势危急，阿席达卡却一心要救她，并为此中了一枪，生命危在旦夕。获救的珊开始对阿席达卡充满敌意，但最终被阿席达卡的真诚与勇敢所感动，阿席达卡伤势过重身亡，珊决定带他到麒麟森林让麒麟兽救活他。
麒麟兽救活了阿席达卡，此时深受人类滋扰的野猪群决意与人类拼死一争拯救自己的家园森林，热爱森林的珊想保护森林的守护者（野猪群），珊离开了阿席达卡，投入了野猪群与幻姬跟朝廷兵的合军的战斗中。幻姬他们对此役早有准备，他们的最终目标并不是消灭野猪群，而是以它们为饵，找到麒麟兽，消灭麒麟兽。
另一方面，在幻姬带领她的男兵去消灭麒麟兽时，她的铁工场受到了天朝（当时的政府）的攻击，守城的只有女兵，在铁工场被攻击得岌岌可危时，阿席达卡来了。原来他在离开了珊以后也受到了朝廷的散兵的攻击。他在铁工场的城外得知幻姬攻击麒麟森林去了，为了拯救麒麟兽和珊，同时也为了通知幻姬回来救她的工场，他再次朝麒麟森林出发。
幻姬与野猪群的一役，野猪群几乎全军覆灭，只剩野猪神、珊和她的白狼神。他们正在边撤边朝麒麟兽安身的小岛进发。幻姬和朝廷军对为了找到麒麟兽，他们披上了野猪皮，涂上了野猪血，以掩饰他们人的身份！跟踪撤退的野猪神和珊，快到麒麟兽的小岛时，军队围住了野猪神和珊，并攻击他们。愤怒的野猪神眼看就要变成邪神了，而在它身上为救它的珊也将受到牵连，刚赶到的阿席达卡要救珊，却力不从心。眼看形势不可挽回了，这时 麒麟兽出来了，它制止了野猪神变成邪神，同时解救了珊。幻姬却趁机把麒麟神的头射了下来，白狼神见状，奋死一拼咬掉幻姬的一只胳膊，随后死亡。愤怒的麒麟兽开始吸收生命以找回自己的头。阿席达卡和珊为了救森林，终于帮麒麟兽找回了它的头。头失而复得的麒麟兽在太阳出来时轰然倒地而亡，以自己的死在一瞬间把新的生机重新赋予了大地！
拯救了麒麟森林后，珊对人类破坏森林的罪行仍无法释怀，她选择回到了林中，阿斯达卡尊重珊的选择（此处两人的对话折射出人类和自然的矛盾，短时仍不能解决），选择以后住在达达拉（铁工厂），会骑着羚角马来看阿珊，两人在一片盎然的绿色山野中微笑别过。
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